Kolonoskopide anal fissür, fistül, hemoroid gibi anal kanal hastalıkları, barsak içerisinde divertikül ülser, tümor gibi lezyonlar tanı konulabilir.Kolonoskopi, ailesinde kalın bağırsak kanseri olan kişilerde, makattan kanaması olan veya dışkısında gizli kan saptananlarda, dışkılama alışkanlığında kabızlık veya ishal yönünde değişiklik belirmesi, daha önce kalın bağırsak kanseri veya polibi saptanan ve tedavi görmüş hastaların takibi, kolondan yabancı cisim çıkartılması, bağırsak filmlerinde şüpheli görünüm mevcut olanlarda, inflamatuar bağırsak hastalığı (Ülseratif kolit, Crohn hastalığı) olanlar, nedeni açıklanamayan kilo kaybında, kansızlık (anemi) şikayeti olanlara yapılmalıdır. Şüpheli alanlardan biyopsi alınarak patolojiye gönderilebilir.